O Cuiabá desistiu de disputar a Copa Verde em 2025. O recém-rebaixado no Brasileirão não empolgou com a mudança da CBF de retirar a vaga na terceira fase da Copa do Brasil ao campeão da competição regional. Junto do Dourado o Atlético-GO também fez o mesmo.
Com a saída do Cuiabá, o Luverdense herda a vaga e será o segundo representante de Mato Grosso. O Verdão do Norte terminou o último Campeonato Mato-grossense na 3ª colocação.
Com isso os confrontos das primeiras fases foram alterados. O União enfrenta agora o seu xará União-TO em Rondonópolis. Já o Luverdense viaja até Campo Grande para encarar o Operário-MS. Nesta primeira fase os times fazem jogo único na casa do melhor ranqueado.
O início da competição está previsto para o dia 22 de janeiro. As finais devem ocorrer 09 e 23 de abril.
